Gitでのファイルのタイムスタンプ

Gitでは、ファイルのタイムスタンプは管理していません。
ワーキングツリー中のファイルのタイムスタンプは、ワーキングツリーにチェックアウトされときの時刻になります。
そのファイルを最後に更新したときではありません。
ただし、チェックアウトする時にファイルの内容を比較して、チェックアウト前と同じなら、ファイルは書き換えられないので、タイムスタンプは変わりません。
でも今チェックアウトしているバージョンより古いバージョンをチェックアウトすると、タイムスタンプはチェックアウトした時刻になります。
一見、「えーっ、そんなのわかりにくくていやだなあ」って感じがするのですが、よく考えてみるとそうでなくちゃあ逆に困ります。
詳しくは、Gitによるバージョン管理入門 for Windows
を見てください。